Michael Schönheit, geboren in Saalfeld, erhielt seine erste musikalische Ausbildung bei seinem Vater Walter Schönheit und war Mitglied der Thüringer Sängerknaben. Von 1978 - 1985 studierte er Dirigieren, Klavier und Orgel an der Hochschule für Musik »Felix Mendelssohn Bartholdy«. 1984 wurde er Preisträger des Internationalen Johann-Sebastian-Bach-Wettbewerbs in Leipzig.
Von 1985 bis 1991 war er als Organist und Kantor in Saalfeld tätig. 1986 wurde er zum Gewandhausorganisten berufen. Hier umfasst sein Wirkungsbereich die Gestaltung der Gewandhausorgelkonzerte, die Mitwirkung in den Gewandhauskammermusiken sowie Auftritte als Solist mit dem Gewandhausorchester. Von Beginn seiner Tätigkeit sind die jeweiligen Spielzeiten besonders geprägt von thematischen Zyklen. So kam es aus Anlass des 300. Todestages von Dietrich Buxtehude zur Gesamtaufführung der Kantaten und Orgelwerke dieses Meisters im Gewandhaus. Weitere Konzertzyklen widmete er den Jubilaren Joseph Haydn, Georg Friedrich Händel, Felix Mendelssohn Bartholdy, Johann Sebastian Bach und Franz Liszt.
Seit 1994 ist Michael Schönheit künstlerischer Leiter der Merseburger Orgeltage, die sich zu einem der führenden Orgelfestivals in Deutschland entwickelt haben. Seit 1996 ist Schönheit zudem Domorganist in Merseburg. Er betreute auch die umfangreiche Restaurierung der einzigartigen von Friedrich Ladegast 1853 -55 erbauten Domorgel. Seit 2004 ist dieses weltberühmte Instrument wieder in seiner ursprünglichen Klanggestalt in den Gottesdiensten, der sonnabendlichen Reihe »Orgelklang 12«, der Merseburger Dommusik und den Merseburger Orgeltagen zu hören.
Von 1998 bis 2005 leitete er den Carl-Philipp-Emanuel-Bach-Chor Hamburg, mit dem er zahlreiche Werke der Oratorienliteratur des 18. und 19. Jahrhunderts zur Aufführung brachte.
An der Musikhochschule Nürnberg leitet Schönheit derzeit eine Orgelklasse. Bei zahlreichen internationalen Wettbewerben ist er als Jurymitglied tätig.
Michael Schönheit ist darüber hinaus ein gefragter Gastorganist. Seine Konzerttätigkeit erstreckt sich über die europäischen Länder hinaus bis in die USA und nach Japan. Als Solist gastierte er neben dem Gewandhausorchester bei zahlreichen weiteren renommierten Orchestern.
Neben seiner Tätigkeit als Organist und Leiter seines Ensembles »Merseburger Hofmusik« widmet sich Schönheit seit vielen Jahren dem historischen Hammerklavier.
Rundfunk-, Fernseh- und zahlreiche CD-Produktionen ergänzen sein vielseitiges künstlerisches Wirken.